O IPSEMG vem sendo questionado por auditorias da confiança do Tribunal de Contas e do Ministério Público Estadual de MG que investigam nos seus arquivos de dados, centenas de operações realizadas em favor de beneficiários já desligados do IPSEMG, por terem sido demitidos e, por isso, não sendo mais servidores, não mais teriam direito à assistência de saúde por parte do órgão.

Acontece que, em razão da desorganização dos sistemas de TI do IPSEMG, esses servidores não foram excluídos e, assim, seguiram sendo assistidos pelos hospitais Governador Israel Pinheiro e outros, próprios do IPSEMG, ou atendidos pela rede credenciada.